Les chercheurs de la Mayo Clinic développent une technique de séquençage pour identifier les infections dans les articulations

Dans une récente interview avec GenomeWeb, Robin Patel, MDD, directeur du laboratoire de recherche sur les maladies infectieuses à la Mayo Clinic, a décrit une approche de séquençage métagénomique que son laboratoire est en train de tester pour identifier les infections potentielles chez les patients dont les articulations ont échoué.

Selon le Dr Patel, la technique est encore trop longue et coûteuse pour être utilisée cliniquement à des fins diagnostiques, mais à mesure que la technologie s’améliore et que les coûts diminuent, elle envisage éventuellement de mettre en œuvre une approche de séquençage de nouvelle génération les échecs.

Selon les recherches menées par les centres de prévention et de contrôle des maladies des États-Unis, près de 700 000 arthroplasties du genou et plus de 310 000 arthroplasties de la hanche ont été réalisées aux États-Unis en 2030. Selon l’American Academy of Orthopedic Surgeons et plus de 500 000 arthroplasties de la hanche.

Dr Patel a déclaré que ces chirurgies sont généralement extrêmement bénéfiques, permettant aux personnes qui ont souffert de «mobilité limitée et beaucoup de douleur» de redevenir actives. Cependant, environ 1% des arthroplasties de la hanche et 2% des arthroplasties du genou sont infectées sur une période de 10 ans. Les infections se développent dans les biofilms à la surface de l’implant et n’entraînent pas de symptômes typiques associés à l’infection, a-t-elle déclaré lipide. En outre, ils peuvent être lents à se manifester, et par conséquent, lents à diagnostiquer et à intervenir.

L’étalon-or actuel pour diagnostiquer les infections microbiennes repose sur des organismes de culture extraits du biofilm de la prothèse. Le laboratoire du Dr Patel à Mayo a mis au point des techniques de culture améliorées pour aider à améliorer les taux de diagnostic, mais la sensibilité de ces approches se situe encore autour de 73%. Le groupe a également testé un panel de PCR, qui n’a fait que renforcer la sensibilité à 77%.

Afin d’essayer d’améliorer la sensibilité et d’identifier jusqu’à un tiers des cas d’infections polymicrobiennes, son groupe a décidé de tester des approches de séquençage métagénomique.

Selon le Dr Patel, le principal défi du séquençage métagénomique est de réduire la quantité d’ADN de fond, dont la majorité est de l’ADN humain, et d’amplifier l’ADN microbien.

Lisez l’article complet pour en savoir plus sur la façon dont Mayo Clinic utilise le séquençage métagénomique pour les infections dans les arthroplasties.